Durch die starken Regenfälle um Fronleichnam sind die Pegelstände der Donau stark angestiegen und haben zu Überschwemmungen geführt. Am Samstag, 1. Juni wurde von der Feuerwehr Kelheim der Hochwasserschutz in wenigen Stunden aufgebaut. Der Schutz hat sich bestens bewährt. Ohne ihn wäre wohl wieder die Katastrophe wie 1999 beim Pfingsthochwasser eingetreten und wir wären vollständig überflutet worden. Denn der Grundwasserspiegel ist sehr massiv angestiegen und er konnte nur durch zahlreiche Pumpen in einem speziellen Schacht im Innenhof für das ganze Klostergelände niedrig gehalten werden.
Am Mittwoch, 5. Juni, mittags erreichte der Pegel seinen Höchststand (756 cm — nur 40 cm weniger als beim Pfingsthochwasser 1999). Das Wasser stand außen schon über den Fensterbänken. Nun ist der Pegel bereits auf 520 cm (Sonntag 17:00 Uhr) gefallen. Die Feuerwehr hat bereits begonnen den Schutz wieder abzubauen. Die Lage entspannt sich. Es wird aber noch dauern, bis das normale Leben dieser Jahreszeit zurückkehrt.
Leute der Feuerwehr Kelheim waren in der vergangenen Woche Tag und Nacht vor Ort und hielten Wache. Sie waren ungemein engagiert, auch gerade junge Leute. So konnten wir beruhigt sein und unser klösterliches Leben nahm seinen gewohnten Gang.
Wir möchten an dieser Stelle unseren Dank an die Einsatzkräfte aussprechen, die unermüdlich daran arbeiteten, die Situation unter Kontrolle zu bringen und die Menschen in Sicherheit zu bringen. Ihr Einsatz und ihre Opferbereitschaft sind beispiellos und verdienen höchste Anerkennung.
Wir wollen auch all jene nicht vergessen, die es bei diesem Hochwasser weit schlimmer getroffen hat und Opfer der Flut geworden, Hab und Gut verloren haben oder gar ihr Leben lassen mussten. Ihnen gilt unser Gedenken im Gebet. Mögen sie Kraft und Mut finden, in die Zukunft zu gehen.
Um den Einsatzkräften die Arbeit zu erleichtern und nicht zu behindern, bleibt das Gelände des Klosters Weltenburg weiterhin gesperrt. Wir bitten um Ihr Verständnis und Ihre Kooperation, damit die Aufräumarbeiten reibungslos vonstatten gehen können.
Wir hoffen, dass sich die Lage weiter entspannt und das Kloster Weltenburg seine Tore bald wieder für Besucher öffnen kann.
Im Zuge der Säkularisation 1803 wurden nahezu aller Klöster und Stifte in unserem Land aufgehoben. Durch dieses Ereignis riss auch in Weltenburg eine über 1000jährige Tradition klösterlichen Lebens ab. Diese Unterbrechung währte glücklicherweise nur 39 Jahre. 
Im Jahr 2003 wurde in zahlreichen Veranstaltungen und Publikationen an die Säkularisation 1803 erinnert. Dieses Gedenkjahr an die Aufhebung der Klöster und Stifte vor 200 Jahren weckte auch die Erinnerung an den damaligen letzten Abt von Weltenburg, Benedikt Werner, neu. Von 1786 ‑1803 stand der gebürtige Dietfurter an der Spitze der Abtei St. Georg an der Donau. Er kann zu den großen Gestalten in der fast 1400jährigen Geschichte des Klosters gezählt werden. Die Regierungszeit Werners brachte eine letzte Blüte, die sich im kulturellem und wissenschaftlichem Schaffen und in seelsorglichem Wirken der Patres zeigte. In dieser lebte und wirkte auch der Weltenburger Klosterkomponist P. Benno Gruber (+1796). Nachdem der Vorgang der Aufhebung des Klosters durch einen Kelheimer Beamten abgeschlossen und der Besitz weitgehend versteigert war, mußte auch Abt Benedikt Werner sich am 19. Oktober 1803 zur Abreise entschließen. Der Lokalkommissär überließ ihm in einem letzten Freundschaftsdienst den Reisewagen und die beiden letzten noch nicht versteigerten Klosterpferde. Als vom Turm die mitternächtliche Stunde schlug, fuhr der Prälat aus dem verödeten Klosterhof. Er hat sein geliebtes Weltenburg nie mehr gesehen. Später gestand er einem vertrauten Freund in München, daß er diese Stunde gewählt habe, um niemanden mehr zu sehen und von niemanden gesehen zu werden. Aber “als er allein ohne Zeugen das letztemal bey den ihm so lange bekannten Felsen vorbeyfuhr, konnte er sich der Tränen nicht enthalten” heißt es in einer bald nach seinem Tod, 1835 erschienenen kurzen Lebensbeschreibung des letzten Weltenburger Abtes. Er lebte von da an als Privatgelehrter in München (Schönfelder Str. 107/2) und verfasste umfangreiche historische Abhandlungen über die Geschichte Weltenburgs, über Musikgeschichte etc. Sie befinden sich heute im Hauptstaatsarchiv in München. Durch sie sind viele Quellen der Klostergeschichte in Abschrift erhalten geblieben, deren Original längst verloren ging. Abt Benedikt Werner verstarb am 20. Oktober 1830 im Alter von 82 Jahren. Sein Grab fand er auf dem südlichen Friedhof in München. Die Nachforschungen ergaben als Begräbnisplatz die Nr. 17/5/1. Der Friedhof an der Thalkirchener Straße wird seit etwa 60 Jahren nicht mehr belegt und steht unter Denkmalschutz . 
edenksteines ist der heimische “Kelheimer Marmor” (Auer Kalk — Muschelkalk), was den Bezug zur einstigen klösterlichen Heimat des Abtes Benedikt Werner wieder herstellt. Die Inschrift des Grabdenkmals, das mit dem Kreuz und dem Abtswappen, im gespaltenen Schild Waage und Ölzweig, geschmückt ist, lautet: 
