Im Zuge der Säkularisation 1803 wurden nahezu aller Klöster und Stifte in unserem Land aufgehoben. Durch dieses Ereignis riss auch in Weltenburg eine über 1000jährige Tradition klösterlichen Lebens ab. Diese Unterbrechung währte glücklicherweise nur 39 Jahre. Dank der Bemühungen und der Großherzigkeit des bayerischen Königs Ludwig I. erstand bereits 1842 das Benediktinerkloster an der Donau wieder. Die Abteikirche und die Klosteranlage, die erst zu Anfang des 18. Jahrhunderts errichtet worden waren, hatten sich in ihrer Gesamtheit erhalten. So konnten die ersten Mönche, die zur Wiedergründung aus Metten kamen, in mühseligen und bescheidenen Anfängen an der Geschichte der untergegangenen Abtei anknüpfen. Bereits im Stiftungsbrief vom 22. März 1842 schrieb König Ludwig I.: „ … vorhabend, dieses Priorat später zur Abtey zu erheben“. Es war ein langer Weg und es brauchte viel Geduld, bis sich dieses Vorhaben erfüllen sollte. Dies geschah am 7. August 1913. Der Prinzregent und nachmalige König Ludwig III. von Bayern gab dem Kloster seine ursprüngliche Würde als Abtei zurück und ernannte den bisherigen Priorr P. Maurus Weingart zum ersten Abt. Am 24. Oktober 1913 traf aus Rom die Bestätigung ein. Der damalige Bischof von Regensburg Antonius Henle erteilte dem ernannten am 13. November 1913 die Abtsbenediktion. Dieser Ereignisse erinnerte man sich in Weltenburg dankbar in den Jubilläumsfeierlichkeiten zum 100. Jahrestag der Abteierhebung am 1. September 2013.
Zahlreiche Ehrengäste und Vertreter von Ordensgemeinschaften hatten sich am Sonntagvormittag in der Abteikirche in Weltenburg eingefunden, als Bischof Rudolf Voderholzer mit Abt Thomas M. Freihart OSB, dem Abtpräses Barnabas Bögle OSB aus Ettal und den Äbten der zur Bayer. Benediktinerkongregation gehörenden Klöster sowie den Mitgliedern des Weltenburger Benediktinerkonvents in die vollbesetzte Abteikirche einzog. Abt Thomas Freihart OSB sagte in seiner Begrüßung, dass das Kloster in Weltenburg mit seiner mehr als 1000-jährigen Geschichte mit der Erhebung zur Abtei im Jahre 1913 seine durch die Säkkularisation genommene Würde wieder zurückerhalten habe. Bischof Rudolf begrüßte zu Beginn des Pontifikalamtes auch die Äbte der Bayer. Benediktinerkongregation, die mit diesem Gottesdienst ihr mehrtägiges Generalkapitel in Weltenburg beginnen. Mit diesem Gottesdienst, so der Bischof, danken wir für 100 Jahre monastisches Leben als Abtei Weltenburg. Er bezeichnete es als eine ganz besondere Ehre, dass ihm heute der Abtsstab des ersten Abtes nach der Wiedererhebung, Abt Maurus III. Weingart OSB, anvertraut wurde. Der Bischof bezeichnete seine Mitfeier als ein Zeichen der Mitsorge für den Bestand und die Zukunft der Klöster Weltenburg, Metten und Rohr, die zum Bistum Regensburg gehören sowie aller bayerischen Benediktinerklöster. Der beeindruckende Festgottesdienst wurde vom Chor und Orchester des Weltenburger Musikgemeinschaft unter der Leitung von Prof. Josef Kohlhäufl mit der Krönungsmesse von W. A. Mozart umrahmt.
Die Jubiläumsfeier ist am Nachmittag mit einem Festakt fortgesetzt worden. Dazu hatten sich Vertreter aus Politik aus Kirche und Politik sowie Freunde der Benediktinerabtei im neu gestalteten Festsaal eingefunden. Der Gruß von Abt Thomas galt dabei einer Vielzahl von Gästen mit Bischof Rudolf Voderholzer, Abtpräses Barnabas Bögle, Staatsekretär Bernd Sibler, Regierungspräsident Heinz Grundwald, Landrat Dr. Hubert Faltermeier und dem 2. Bürgermeister der Stadt Kelheim Franz Peter Sichler an der Spitze. Staatsekretär Bernd Sibler vom Bayerischen Staatsministerium für Unterricht und Kultus gratulierte im Namen des Bayerischen Ministerpräsidenten Horst Seehofer den Benediktinern von Weltenburg zu ihrem Jubiläum.
In seinem Festvortrag spannte P. Dr. Michael Kaufmann OSB, Präsident der Bayerischen Benediktinerakademie und Archivar der Abtei Metten den Bogen von 1842, dem Jahr der Wiedergründung als Priorat bis zur Erhebung des Klosters zur Abtei 1913. Dabei zeigte er auf, welche Schwierigkeiten es zu überwinden gab und dass es wohl nur der Ausdauer und dem Mut des kleinen Konventes unter den Prioren Maximilian Pronet (1849 – 1874) und Michael Leeb (1874 – 1902) zu verdanken gewesen sei, dass diese Bewährungszeit als Priorat erfolgreich habe bewältigt werden können. Damit sei der Grundstein für Maurus Weingart gelegt worden, der von 1903 bis 1913 Prior von Weltenburg war und 1913 mit der Erhebung zur Abtei vom Prinzregenten Ludwig zum Abt ernannt wurde.