Vom westlichen Brennpunkt der Hauptraumellipse aus bietet sich die lichterfüllte, im Dreiklang von Blau, Gold/Ocker und Rot aufleuchtende (Fresko‑, Kalk- und Secco-) Malerei an der Decke der äußeren Kuppel perspektivisch richtig dar. Allerdings führt der eigengesetzlich kreisrunde Säulentempel, der die Komposition des Deckenbildes zusammenhält, die Kirchenarchitektur nicht barock-illusionistisch fort. Der Fußpunkt des Monopteros bleibt verdeckt, was den Eindruck des Schwebens zur Folge hat. Zwischen dem dämmerigen, realen Raum unten und der davon durch den rahmenartigen Rand der Kuppelöffnung getrennten, lichten Himmelssphäre oben vermittelt ein Kronreif aus Holz (ein Bild für die an der Himmelstür zu erwartenden Krone des Lebens), der von Engeln am Kuppelausschnitt gehalten wird. Inmitten dieser Engelcorona beugt sich auf der Südseite lächelnd die von seinem Bruder geschaffene Stuckbüste C.D. Asams herab, der sich in der Signatur von 1721 schräg dahinter als Maler des Deckenbilds und Architekt des Kirchenraums verewigt hat.
Das Thema des figurenreichen, mit der Monopteroskuppel goldgrundartig hinterlegten Deckengemäldes ist die Versammlung aller Heiligen um den Wolkenthron Gottes. Über der Personifikation der Ecclesia triumphans oberhalb des Presbyteriumsbogens baut sich vom siegreichen hl. Georg (der gleichsam aus dem Hochaltar hierher entrückt ist) über die demütig ihrer Krönung harrenden Gottesmutter zur Bildmitte, der Heiligsten Dreifaltigkeit, hin eine Hierarchie auf. Daran reiht sich am Nordrand des Freskos, vom hl. Petrus angeführt, die Schar der Apostel, unter ihnen auch der hl. Rupert als Apostel der Baiern, denen er das Altöttinger und das Weltenburger Marien-Gnadenbild gebracht haben soll. Daran anschließend ist der Erzengel Gabriel zu sehen, der dem Priester Zacharias und dessen Gemahlin Elisabeth die Geburt ihres Sohnes Johannes des Täufers verheißt. Auch die Eltern Mariens, Joachim und Anna, und ihr Bräutigam Josef gehören zur Heiligen Sippe, die zum Geschlecht König Davids zählt. Dieser konzertiert nebenan zusammen mit der hl. Cäcilia, der Patronin der Kirchenmusik ; beide nehmen Bezug auf den an dieser Seite platzierten Psallierchor und die Orgel. Ähnliches gilt für die büßende hl. Maria Magdalena und den Gerichtsengel der Apokalypse darüber, die zum Themenkreis der Vorhalle überleiten.
Auf der Südseite, wieder von vor nebeginnend, erkennt man – dem hl. Petrus als dem Fundament der Kirche genau gegenüber – den hl. Ordensgründer Benedikt mit seiner Schwester Scholastika. Unter seinem Schutz folgt Bauherr Abt Maurus Bächl mit dem Weltenburger Konvent. Zwischen dieser Gruppe und dem Konkirchenpatron St. Martin von Tours erscheint ein Genius mit den Gesichtszügen E.Q. Asams – in nächster Nähe zur Stuckbüste seines Bruders. Es folgen der Regensburger Bistumspatron, der hl. Wolfgang, und das hl. Geschwisterpaar Placidus und Flavia, alle Angehörige des Benediktinerordens. Den Schluss bildet eine dichtgedrängte Schar jubilierender weiblicher Heiliger, darunter besonders hervorgehoben die
hll. Helena, Ursula, Barbara und Katharina