An der Spitze der benediktinischen Klostergemeinschaft steht der Abt. Dieses Amt übt derzeit Thomas Maria Freihart aus. Er wurde 1960 als ältester Sohn einer Bauernfamilie mit acht Kindern in Raitenbuch bei Berching geboren. 1980 trat Freihart als Novize in die Abtei Plankstetten ein und legte dort 1984 seine ewige Profeß als Benediktiner ab. Er studierte an der Katholischen Universität Eichstätt Theologie und wurde 1986 zum Priester geweiht. An der Benediktinerhochschule Sant‘Anselmo in Rom setzte er 1988 seine Studien fort und schloss sie 1991 mit dem Lizenziat am Monastischen Institut ab. Nach seiner Rückkehr aus Rom leitete P. Thomas in der Abtei Plankstetten das Gästehaus; er war dort seit 1993 auch Novizenmeister und Prior.
Am 2. Oktober 1995 wurde der von Plankstetten kommende Thomas Maria Freihart zum Prior-Administrator, also zum vorübergehenden Oberen der Abtei Weltenburg gewählt und trat damit die Nachfolge von Abt Dr. Thomas Niggl an. Der Konvent wählte ihn am 25. Juni 1998 zum 70. Abt des traditionsreichen Klosters. Am 19. September des gleichen Jahres nahm Bischof Manfred Müller (Regensburg) bei einem Pontifikalamt in der Klosterkirche St. Georg die feierliche Abtsweihe vor.
Das Wappen des Abtes Thomas M. Freihart OSB von Weltenburg verbindet das Wahrzeichen der Abtei mit personenbezogenen Sinnbildern. Seit 1415 steht das rote Tatzenkreuz für den Schutzpatron von Kirche und Kloster, den hl. Georg. Drei Weizenähren verweisen auf die Herkunft Thomas M. Freiharts aus einer Landwirtsfamilie; gleichzeitig symbolisieren sie die hl. Eucharistie und spielen damit auf den Wahlspruch des Abtes an. Die blaue Farbe und der grüne Dreiberg sind dem Wappen seines Professklosters, der Abtei Plankstetten, entlehnt. Das Winkelmaß in der linken unteren Ecke des vierteiligen Schildes ist sowohl Attribut des hl. Joseph (Taufname) als auch des hl. Apostel Thomas (Ordensname), der Namenspatrone des Abtes.
Schild geviert von Silber und Blau; 1 und 3 ein durchgehendes rotes Tatzenkreuz; 2 auf grünem Dreiberg drei goldene Ähren; 4 ein schräger goldener Winkelhaken. Auf dem Schild eine silberne Mitra mit rotem Besatz, dahinter ein linksschräg gestellter goldener Abtsstab mit abfliegendem silbernem Tuch.